La mayor parte de la red de saneamiento de la ciudad es unitaria y está configurada como una semiespina de pez, con un colector principal, Colector Sur, que discurre por la margen derecha del río Henares al que van confluyendo los emisarios de Cuenca, que recogen todos los vertidos de cada una de ellas por medio de una red graduada de tuberías. El colector sur termina en la estación Depuradora de Aguas Residuales Este.

Otra parte de la ciudad es recogida por dos colectores que siguen ambas márgenes del Arroyo Camarmilla y que va a verter a otra EDAR denominada Oeste. Una pequeña zona urbana cercana al arroyo Bañuelos tiene red separativa, vertiendo las aguas pluviales de aquel y las fecales llevadas a la depuradora oeste.

Al ser la red unitaria y con el fin de disminuir las secciones de los colectores, existen 14 aliviaderos de crecidas que vierten los excesos producidos en caso de lluvias intensas a los cauces públicos.

La longitud aproximada de la red de colectores es de 275 km con tamaños que oscilan entre 30 y 200 cm. Existe en la red cuatro bombeos correspondientes a pasos inferiores bajo el ferrocarril.